任何东西都不是完美的，鱼腥草也是如此，它虽然有诸多功效，对人体有益，但对一部分人来讲却可能产生副作用，了解鱼腥草的副作用是很有必要的。    

　　鱼腥草毒性甚小，口服后有鱼腥臭味，肌注时局部可出现疼痛;对阴道粘膜有一定的刺激性。鱼腥草注射液可引起过敏反应，表现有药物性皮炎、末梢神经炎、过敏性紫癜等。严重者可引起过敏性休克，乃至死亡，应引起足够的重视。

　　2003年8月，药品不良反应监测发现了鱼腥草注射液可能引起严重不良反应，国家药品不良反应监测中心药品对该品种引起的严重不良反应情况进行了通报，并提醒临床应用时务必加强用药监护，严格按照药品适应症范围使用，对有药物过敏史或过敏性体质的患者应避免使用，静脉滴注时不应与其他药品混合使用，并避免快速输注。

　　2006年6月，鱼腥草注射液等七种中药注射液被叫停，以及连续不断的中药不良反应事件成为人们关注的焦点。

　　鱼腥草含马兜铃酸内酰胺，而马兜铃酸可能导致肾脏纤维化和尿路上皮癌。